Die Geschichte der Schlachtmühle ist seit dem Jahr 1722 dokumentiert. Damals erhielten Jürgen Spanhoff und Heinrich Siaucken aus Norden die Genehmigung der Regierung von Anhalt-Zerbst –das Jeverland gehörte von 1667 bis 1793 zu diesem Fürstentum- zur Errichtung einer “Perl-Graupen-Mühle”, östlich des früheren jeverschen Hafens (Schlachte). Im Oktober 1732 brannte die Mühle ab, wurde aber 1733 wieder aufgebaut. 1798 ist die Schlachtmühle die einzige Pellmühle des Jeverlandes. Die baufällige Mühle wurde 1846 abgebrochen. Bis dahin war sie eine reine Perl-Graupen-Mühle gewesen. 1847 wurde die Mühle an ihrem heutigen Standort neu errichtet. Als Pell- und Mahlmühle verfügt sie über einen Pellgang, einen Roggen- und einen Weizenmahlgang. Die Galerieholländermühle bildet den Mittelpunkt des einzig erhaltenen Jeveraner Mühlenkomplexes mit Müller- und Backhaus (privat) und Scheunengebäude (Museum).
Der letzte Müller der Schlachtmühle Meenen betrieb Mühle und Bäckerei (im anliegenden Backhaus) bis in die 1960-er Jahre. Er scheint ein Kinderfreund gewesen zu sein, denn mancher Jeveraner kann noch von Kindertagen in der Mühle und Mitfahrten mit dem Verkaufswagen mit Backwaren ins Wangerland berichten.
Nach der Aufgabe der Müllerei und Bäckerei kaufte der Tischler Neil das Areal. Mit Unterstützung aus der Nachbarschaft und z.T. öffentlicher Förderung gelang es ihm, die Mühle zu unterhalten. So wurde die Kappe mit den Flügeln erneuert. Neil richtete im straßenseitigen Anbau, in dem vorher der Verkaufsraum gewesen war, seine Tischlerwerkstatt ein. Nach seinem Tod wurde der Unterhalt der Mühle für die Familie Neil zusehends schwieriger. Unterstützung kam vom Zweckverband Schlossmuseum. Ehrenamtliche Mitarbeiter der Windmühle in Accum sorgten für die Wartung und Erhaltung der Technik.
Der Zweckverband betrieb die Sanierung der Scheune und richtete darin ein landwirtschaftliches Museum ein. Schließlich gingen die Schlachtmühle und die Mühlenscheune im Herbst 2011 in den Besitz des Zweckverbands über.
Zur gleichen Zeit gründeten Mühlenfreunde den Arbeitskreis Schlachtmühle im Jeverländischen Altertums- und Heimatverein. Am Pfingstmontag 2012 wurde erstmals wieder der deutsche Mühlentag an der Schlachtmühle begangen. In den nachfolgenden Jahren kamen zu diesem Anlass immer mehr Besucher.
Im Sommerhalbjahr sind Mühle und landwirtschaftliches Museum in der Mühlenscheune seither regelmäßig am Wochenende geöffnet.
Ende 2012 wurden erstmals wieder Segel aufgezogen, sie wurden von Segelmacher König aus Leuwarden hergestellt und von Jeverschen Handwerksbetrieben gestiftet. 2013 konnten mit Mitteln von Stadt und Landkreis die Fenster im Achtkant durch Tischlerei Engelbrecht in Jever erneuert und das Reethdach durch Firma Roettgen aus Georgsheil repariert werden.
Die Windrose wurde gegen die Gefahren des Sturms abgesichert. Eine zusätzliche Rücklaufsicherung (Paal) wurde eingebaut, die die Mühlenflügel bei Sturm schützt. Private Spenden wurden 2014 dazu verwandt, den Mühlenhof neu zu pflastern. Weitere Spenden ermöglichten dem Arbeitskreis, das nun vor Nässe geschützte drehende Werk von Mühlenbauer Böök aus Dunum wieder in Funktion bringen zu lassen. Insbesondere die Kämme (die „Zacken“ der Zahnräder) wurden vollständig erneuert. Anfang 2015 konnte probehalber erstmals wieder mit einem der Mahlgänge geschrotet werden.
Anfang 2015 wurde vom Arbeitskreis Schlachtmühle der Rasen hinter der Mühlenscheune neu angelegt und mit Mitteln der Bingo! Umweltstiftung Niedersachsen eine Streuobstwiese angelegt. Sie umfasst auch ein Stück von anliegenden städtischen Grundstücken.
Ende 2014 stellte sich heraus, dass die Galerie den Ansprüchen an Sicherheit für größere Besuchergruppen nicht mehr genügte. Sie wurde abgerissen und konnte im Sommer des Jahres 2016 vollständig in Holz durch Mühlenbauer Henno Böök aus Dunum und Dietrich Schlachter aus Hage neu errichtet werden. Im September 2016 wurden auch die Fenster und Türen im unteren Teil der Mühle durch Tischlerei Engelbrecht in Jever in Lärche nach altem Vorbild erneuert. 2017 wurde durch den Arbeitskreis und Schülern der BBS Jever der Peldegang wieder in Gang gebracht. 2018 wurden Flügel und Kappe frisch gestrichen. 2019 wurde von der Handwerkergruppe der zweite Mahlgang wieder in Gang gebracht. Das Dach der Mühlenscheune wurde saniert und mit den alten Dachziegeln neu eingedeckt. In der Mühlenscheune wurde die Töpferstube eingerichtet. 2020 wurde durch Mühlenbauer Schlachter aus Hage die Flügel neu ausgerichtet, die Handkröung wieder ergänzt und lauffähig gemacht. Sie war offenbar vor Jahrzehnten im Rahmen einer Reparatur ausgebaut worden. Einzelne Zahnräder mussten ersetzt werden. In Eigenregie sanierte der Arbeitskreis die alte Remise im Mühlengarten, 2021 wird darin ein Werkraum eingerichtet. Geplant ist auch, die kleinen Türen der Mühlenscheune zu ersetzen und eine behindertengerechte Toilette einzubauen.
Durch die unermüdliche ehrenamtliche Arbeit einer Handwerkergruppe im Arbeitskreis Schlachtmühle wurden nach und nach die in der Mühle erhalten gebliebenen Müllereimaschinen restauriert. Im Erdgeschoss haben die Kinder viel Spaß mit der funktionsbereiten Windfege und einer bäuerlichen Schrotmühle. Bei Führungen können der Elevator zwischen Erdgeschoss und Steinboden und die Haferquetsche auf dem Mehlboden vorgeführt werden. Weiter wurde ein Walzenstuhl aus dem Hessenpark bei Frankfurt beschafft, vollständig restauriert und auf dem Mehlboden wieder in Betrieb genommen. Dann wurden der zweite Peldegang und der Achtkantsichter wieder lauffähig gemacht. In Arbeit ist 2021 noch der zweite Elevator zwischen Mehlboden und Steinboden. Danach können die Arbeitsprozesse in der Mühle wieder vollständig ausgeführt werden.

Das bauhistorische Denkmal gehört heute zum Schlossmuseum Jever und wird vom Arbeitskreis Schlachtmühle im Jeverländischen Altertums- und Heimatverein betreut. In der Mühlenscheune befindet sich ein Landwirtschaftsmuseum, in dem der Weg des Getreides von der Aussaat bis zur Ernte an Hand alter Geräte und Maschinen verfolgt werden kann. In einer Abteilung der Mühlenscheune konnte die fast komplette Schlosserwerkstatt Bruns aus Esens wieder aufgebaut werden. Sie präsentiert Maschinen und Werkzeuge aus den letzten 100 Jahren, die bis in die 1970er Jahre in Gebrauch gewesen sind. Und manchmal werden die alten Werkzeuge und Maschinen bei der Restaurierung der Mühle wieder benutzt.